익스플로어 6.0 이상부터는 보안문제로 인해 프레임을 사용한 홈페이지에서 로그인이 잘 안될때가 있습니다.
이 문제는 다음 내용을 참고하셔서 하이퍼링크를 재지정하는 것만으로도 해결하실 수 있습니다.

익스플로어 6.0 이상에서는 보안문제로 프레임을 연 도메인과 프레임으로 열린
도메인이 다를 경우 쿠키를 사용할 수 가 없게 됩니다.
프레임을 연 도메인) http://domain.com
프레임으로 열린 도메인) http://www.domain.com

이 경우 다음처럼 개인정보설정을 낮춰야지만 로그인할 수 있습니다.
[익스플로어 - 도구 - 인터넷 옵션 - 개인정보]에서 '낮음'으로 변경하고
브라우저를 모두 닫고 다시 열고 접속한다.

서버측에서 해결하는 방법은 프레임을 연 도메인과 프레임으로 열린 도메인을 일치시켜주면 됩니다.
프레임을 연 도메인) http://www.domain.com
프레임으로 열린 도메인) http://www.domain.com

일반적으로 같은 도메인 내에서 하이퍼링크를 걸때는 도메인부분을 제외한 경로만 적어주시면 도메인이 일치됩니다.
올바른 예) <a href="/main/index.html">메인</a>
잘못된 예) <a href="http://www.domain.com/main/index.html">메인</a>